มีอำนาจหน้าที่รับผิดชอบ โดยแบ่งส่วนราชการดังนี้
1. สำนักงานเลขานุการ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับงานสารบรรณและธุรการทั่วไป งานช่วยอำนวยการและเลขานุการ การบริหารงานบุคคล งานการคลัง งานเงินและบัญชี การงบประมาณ การพัสดุ งานการประชุม การควบคุมดูแลสถานที่และยานพาหนะ งานนิติกรรมและสัญญา งานอื่นที่ไม่ได้อยู่ในความรับผิดชอบของกองใดโดยเฉพาะ และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
2. กองยุทธศาสตร์บริหารจัดการ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อการกำหนดนโยบายและจัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านบริหารจัดการ ประสานและสนับสนุนการจัดทำแผนปฏิบัติราชการ และติดตามประเมินผลสัมฤทธิ์ในการปฏิบัติงานตามแผนของสำนักและสำนักงานเขต รวบรวมแผนยุทธศาสตร์ด้านต่าง ๆ เพื่อประมวลเป็นแผนบริหารราชการกรุงเทพมหานคร รวบรวม วิเคราะห์ และพัฒนาฐานข้อมูลของกรุงเทพมหานครเพื่อประโยชน์ในการจัดทำแผนและบริหารราชการ การประสานและบูรณาการนโยบายของรัฐบาลและกรุงเทพมหานครให้มีเป้าหมายในทิศทางเดียวกัน การดำเนินการเพื่อให้มีการนำนโยบายของผู้บริหารกรุงเทพมหานครไปปฏิบัติในระดับสำนักและสำนักงานเขตและปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
3. กองยุทธศาสตร์เศรษฐกิจ การเงิน และการคลัง มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการศึกษา วิเคราะห์ วิจัยเพื่อการกำหนดนโยบาย และจัดทำแผนยุทธศาสตร์ ด้านเศรษฐกิจ การเงิน และการคลัง ประสานและสนับสนุนการจัดทำแผนปฏิบัติราชการ และติดตามประเมินผลสัมฤทธิ์ของการปฏิบัติงานตามแผนของสำนักและสำนักงานเขต การดำเนินการเกี่ยวกับการรับถ่ายโอนภารกิจตามพระราชบัญญัติ กำหนดแผนขั้นตอนการกระจายอำนาจให้องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น พ.ศ. 2542 โดยการเป็นศูนย์กลางในการรับถ่ายโอน เป็นผู้แทนของกรุงเทพมหานคร หรือเลขานุการในการประชุม ติดตามและรายงานผลการดำเนินการ และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
4. กองยุทธศาสตร์สาธารณสุขและสิ่งแวดล้อม มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อการกำหนดนโยบายและจัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสารธารณสุขและสิ่งแวดล้อม ประสานและสนับสนุนการจัดทำแผนปฏิบัติราชการ และติดตามประเมินผลสัมฤทธิ์ในการปฏิบัติงานตามแผนของสำนักและสำนักงานเขต และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
5. กองยุทธศาสตร์สาธารณูปโภคพื้นฐาน มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการศึกษา วิเคราะห์ วิจัยเพื่อการกำหนดนโยบายและจัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสาธารณูปโภคพื้นฐานเกี่ยวกับการโยธา การระบายน้ำ การผังเมือง การจราจรและขนส่ง ประสานและสนับสนุนการจัดทำแผนปฏิบัติราชการ และติดตามผลสัมฤทธิ์ในการปฏิบัติงานตามแผนของสำนักและสำนักงานเขต และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
6. กองยุทธศาสตร์ทรัพยากรมนุษย์และสังคม มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อการกำหนดนโยบายและจัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านทรัพยากรมนุษย์และสังคม ประสานและสนับสนุนการจัดทำแผนปฏิบัติราชการ และติดตามประเมินผลสัมฤทธิ์ในการปฏิบัติงานตามแผนของ สำนักและสำนักงานเขตและปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
7. กองพัฒนาระบบงานคอมพิวเตอร์ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการพัฒนาระบบงานคอมพิวเตอร์ ศึกษาความเป็นไปได้ในการใช้ระบบคอมพิวเตอร์ตลอดจนการขยายขีดความสามารถของระบบคอมพิวเตอร์ วิเคราะห และออกแบบระบบงาน พิจารณากำหนดทางเลือกที่เหมาะสมในการจัดหาระบบคอมพิวเตอร์ การกำหนดมาตรฐานข้อมูล รหัสมาตรฐาน มาตรฐานความปลอดภัยของข้อมูล และความถูกต้องสมบูรณ์ของข้อมูล การพัฒนาระบบโปรแกรม การจัดหาระบบคอมพิวเตอร์ การติดตั้ง การทดสอบ การฝึกอบรม การบำรุงรักษาระบบโปรแกรมประยุกต์ การพัฒนาและเผยแพร่ความรู้ทางด้านคอมพิวเตอร์ และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
8. กองควบคุมระบบคอมพิวเตอร์์ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการกำหนดแนวทางในด้านการนำระบบปฏิบัติการ ระบบจัดการฐานข้อมูล ระบบเครือข่ายมาใช้กับระบบคอมพิวเตอร์ของกรุงเทพมหานคร ควบคุมดูแล กำหนดแนวทางในการดูแลรักษา ระบบการให้บริการกับทุกหน่วยงาน การแก้ไขปัญหาในการปฏิบัติงานกับระบบงาน การวางแผนและพัฒนาการเพิ่มขีดความสามารถของแต่ละระบบ การบริหารงานบันทึกข้อมูล การนำข้อมูลเข้าสู่ระบบ รวมทั้งการประมวลผลข้อมูล ให้คำปรึกษา แนะนำ แก้ไขปัญหาภายในหน่วยงาน และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
9. กองบริการระบบคอมพิวเตอร์ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการให้บริการและสนับสนุนการมีการใช้ระบบไมโครคอมพิวเตอร์และอุปกรณ์ต่อพ่วง และครือข่ายการสื่อสาร พร้อมโปรแกรมสำเร็จรูป ตลอดจนโครงการติดตั้งระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ ขนาดเล็กที่ใช้งานของสำนักและสำนักงานเขต รวมทั้งให้บริการผลิตสื่อนำเสนอในทุกรูปแบบด้วยระบบคอมพิวเตอร์ ให้บริการในเรื่องเกี่ยวกับเทคนิคทางคอมพิวเตอร์แก่ผู้บริหาร์และทุกหน่วยงานของ กทม. และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
10. กองสารสนเทศภูมิศาสตร์ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการเสนอแนะนโยบายและกำหนดแผนการพัฒนาด้านระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์และระบบเครือข่ายการวิเคราะห์และการจัดลำดับความสำคัญของแผนงานตลอดจนติดตามและประเมินผลแผนการบริหารระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ เป็นศูนย์ข้อมูลในการจัดระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ เพื่อนำข้อมูลมาใช้พัฒนา เพื่อการบริหารและการเชื่อมโยงข้อมูลข่าวสารในระบบเครือข่าย และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง