มีอำนาจหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการดำเนินการให้บริการตรวจรักษา พยาบาล การส่งเสริมสุขภาพและป้องกันโรค การจัดการศึกษา ฝึกอบรมและพัฒนาทางวิชาการทางการแพทย์และการพยาบาล โดยแบ่งส่วนราชการดังนี้
1.สำนักงานเลขานุการ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับงานสารบรรณและธุรการ การประชาสัมพันธ์ งานคลัง การเงิน และบัญชี การงบประมาณ การจัดซื้อจัดจ้าง การบริหารงานบุคคล งานนิติการของสำนัก และหน้าที่อื่นที่ไม่ได้อยู่ในการรับผิดชอบ ของกองโดยเฉพาะและปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
2. กองวิชาการ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการวางแผนจัดทำแผนและโครงการพัฒนาสาธารณะสุขของสำนัก กำกับติดตามการดำเนินการโครงการพัฒนาสาธารณะสุข ทำการศึกษา วิจัย เพื่อการพัฒนาระบบสาธารณะสุข ของ กทม. สร้างระบบเครือข่าย กำหนดนโยบายและบริหารจัดการเกี่ยวกับหลักประกันด้านสุขภาพของประชาชนในเขต กทม. พัฒนาบุคคลทั้งในและนอกสักกัดของสำนัก ให้บริการทางวิชาการ ตรวจสอบวิเคราะห์ พิจารณาโครงการและผลงานทางวิชาการ เป็นศูนย์รวมข้อมูลทางการแพทย์และสาธารณะสุขและปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
3. วิทยาลัยพยาบาลเกื้อการุณย์ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการผลิตบัณฑิตสาขาพยาบาลศาสตร์และบุคลากรพยาบาลอื่นๆ กำหนดการศึกษาค้นคว้าวิจัย ของ กทม. ควบคุมการสอนและจัดการศึกษาและพัฒนางานด้านทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมแก่นักศึกษาและสังคมและปฏิบัติงานร่วมกันหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนราชการอื่นที่เกี่ยวข้อง และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
4. วิทยาลัยแพทย์ศาสตร์ กรุงเทพมหานครและวชิระพยาบาล มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการผลิตบัณฑิตแพทย์ พัฒนาหลักสูตรและปรับปรุงการศึกษาทางการแพทย์ให้ได้มาตรฐานสากล รวมทั้งการให้การบริการประชาชน และบริการทางวิชาการแก่สังคม การทำนุบำรุงและเสริมสร้างศิลปวัฒนธรรม การให้บริการบำบัดรักษาผู้ป่วย การส่งเสริมสุขภาพอนามัยและป้องกันโรค ส่งเสริมสนับสนุนการค้นคว้าวิจัยทางด้านการแพทย์และสังคมและปฏิบัติงานร่วมกันหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนราชการอื่นที่เกี่ยวข้อง และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
5. โรงพยาบาลกลาง มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการให้บริการบำบัดรักษาผู้ป่วย การส่งเสริมสุขภาพอนามัยและป้องกันโรค ส่งเสริมสนับสนุนการค้นคว้าวิจัยทางด้านการแพทย์และสังคมและปฏิบัติงานร่วมกันหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนราชการอื่นที่เกี่ยวข้อง และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
6. โรงพยาบาลตากสิน แบ่งงานภายในราชการและหน้าที่รับผิดชอบเช่นเดียวกับโรงพยาบาลกลาง
7. รงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์ แบ่งงานภายในราชการและหน้าที่รับผิดชอบเช่นเดียวกับโรงพยาบาลกลาง
8. โรงพยาบาลหลวงพ่อ ทวีศักดิ์ ชุตินธโรอุทิศ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการให้บริการบำบัดรักษาโรคผู้ป่วย การตรวจรักษาโรคทางช่องปากและทันตสาธารณะสุข การส่งเสริมสุขภาพอนามัยและป้องกันโรค ส่งเสริมสนับสนุนการค้นคว้าวิจัยทางด้านการแพทย์และสังคมและปฏิบัติงานร่วมกันหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของส่วนราชการอื่นที่เกี่ยวข้อง และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
9. โรงพยาบาลหนองจอก แบ่งงานภายในราชการและหน้าที่รับผิดชอบเช่นเดียวกับโรงพยาบาลหลวงพ่อ ทวีศักดิ์ ชุตินธโรอุทิศ
10. โรงพยาบาลลาดกระบังกรุงเทพมหานคร แบ่งงานภายในราชการและหน้าที่รับผิดชอบเช่นเดียวกับโรงพยาบาลหลวงพ่อ ทวีศักดิ์ ชุตินธโรอุทิศ