มีอำนาจหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานด้านการจัดการศึกษาของกรุงเทพมหานคร โดยแบ่งส่วนราชการ ดังนี้
1. สำนักงานเลขานุการ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานด้านสารบรรณและธุรการทั่วไปของสำนักงานช่วยอำนวยการและเลขานุการการประชาสัมพันธ์ข่าวสาร กิจกรรมด้านการศึกษาของกรุงเทพมหานคร การดำเนินการด้านคณะกรรมการคุรุสภากรุงเทพมหานครในสำนักการศึกษา และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
2. กองการเจ้าหน้าที่ี มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานด้านบรรจุ แต่งตั้งผู้สอบแข่งขันได้ การโอน ย้าย การขอกลับบรรจุ การเลื่อนตำแหน่งและระดับเงินเดือน การวางแผนกำลังคน การปรับปรุงส่วนราชการ การจัดทำแผนอัตรากำลัง การกำหนดกรอบอัตรากำลัง ข้าราชการครูกรุงเทพฯ สายงานนิเทศการศึกษาและสายงานการสอนให้ดำรงตำแหน่งสูงขึ้น การประเมินบุคคล และผลงานทางวิชาการ ของข้าราชการกรุงเทพฯ สามัญ การดำเนินการทางวินัย การจัดทำงบประมาณเงินอุดหนุนการศึกษาของรัฐบาล และงบประมาณกรุงเทพมหานคร การจัดบัญชีถือจ่ายอัตราเงินเดือนและค่าจ้าง การดำเนินการเกี่ยวกับการสอบแข่งขันครูและปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
3. กองคลัง มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการดำเนินงานด้านการคลัง ตรวจสอบฎีกาทุกหมวดรายจ่ายของเงินอุดหนุนรัฐบาล เงินกรุงเทพมหานคร เงินงบประมาณของโรงเรียนและสำนักการศึกษา ควบคุมการเบิกจ่ายเงินประเภทต่างๆ ด้านงบประมาณของ กทม. การดำเนินงานด้านบำเหน็จข้าราชการครู กทม. ข้าราชการและลูกจ้างของสำนักการศึกษา ร่างคำของบประมาณรายปี ประสานงานด้านเงินอุดหนุนรัฐบาลและกรมบัญชีกลาง รวมทั้งหน่วยงานอื่นๆที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนการจัดทำพัสดุ วัสดุ ครุภัณฑ์ ต่างๆ ให้โรงเรียนในสังกัดของ กทม. และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
4. หน่วยศึกษานิเทศก์ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการดำเนินการด้านวางแผนและพัฒนาการจัดระบบการนิเทศ รวมทั้งเพื่อการส่งเสริมการพัฒนาด้านการบริหารในสถานศึกษา ให้มีคุณภาพ การจัดกิจกรรมการเรียนการสอนตามหลักสูตรอนุบาล ประถมศึกษา และมัธยมศึกษาให้มีคุณภาพ ตลอดจนปฏิบัติงานสนองตอบนโยบายด้านการศึกษาของ กทม. และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
5. กองโรงเรียน มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการควบคุม ดูแลประสานนโยบาย ส่งเสริม พัฒนา และเผยแพร่ การจัดการศึกษาระดับก่อนประถมศึกษา มัธยมศึกษา และการศึกษาพิเศษ การจัดสรรงบประมาณ และวัสดุ เกี่ยวกับการเรียนการสอนให้กับโรงเรียนในสังกัดของ กทม. การจัดตั้งบริการดูแลบำรุงรักษา จัดทำประวัติ ตรวจเยี่ยมและเลิกล้มโรงเรียน เพื่อสร้างหรือขยาย โรงเรียน ในสังกัด กทม. งานด้านลูกเสือ เนตรนารี ยุวกาชาด และผู้บำเพ็ญประโยชน์ และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
6. กองวิชาการ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับงานด้านนโยบายและแผนพัฒนาทางการศึกษา ระบบโครงสร้างการบริหารการศึกษา กฎหมายการศึกษา สารสนเทศทางการศึกษา การพัฒนาทางหลักสูตร การสนับสนุนการเรียนการสอนนวัตกรรมและเทคโนโลยีทางการศึกา ตลอดจนการส่งเสริมมาตรฐานทางการศึกษา และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง