มีอำนาจหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการบริหารจัดการด้านสิ่งแวดล้อม การศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อแก้ไข ฟื้นฟู ส่งเสริม และรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อม ติดตามตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อม จัดทำรายงานสถานการณ์สิ่งแวดล้อม การดูแลและเพิ่มพื้นที่สีเขียวของกรุงเทพมหานคร และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
1. สำนักงานเลขานุการ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับงานสารบรรณและธุรการทั่วไปของสำนัก งานช่วยอำนวยการและเลขานุการ การบริหารงานบุคคล งานการคลัง การเงินและบัญชี การงบประมาณ การพัสดุ การควบคุมดูแลสถานที่และยานพาหนะ งานนิติกรรมและสัญญา งานประชาสัมพันธ์ งานอื่นที่ไม่ได้อยู่ในความรับผิดชอบของกองใดโดยเฉพาะ และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
2. กองวิชาการและแผนงาน มีหน้าที่รับผิดชอบในการจัดทำแผนงาน และโครงการด้านสิ่งแวดล้อมตามนโยบายของผู้บริหาร การศึกษา วิเคราะห์เพื่อจัดทำโครงการศึกษาเพื่อสนับสนุนการเพิ่มประสิทธิภาพในการจัดการด้านสิ่งแวดล้อม การประเมินผลการปฏิบัติงานตามแผนงานและโครงการ การให้ความรู้ ความเข้าใจ และสนับสนุนการมีส่วนร่วมของประชาชนในการแก้ไขปัญหาสิ่งแวดล้อม จัดทำเอกสารทางวิชาการเพื่อประกอบการอบรมสัมมนา การบริการข้อมูลทางวิชาการ การจัดอบรม สัมมนาเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงานและผู้เกี่ยวข้องด้านสิ่งแวดล้อม การจัดกิจกรรมสร้างเครือข่ายเพื่อนำไปสู่การลดปริมาณมูลฝอยและลดปัญหาสิ่งแวดล้อม การศึกษา วิเคราะห์ ออกแบบระบบงานคอมพิวเตอร์ และการจัดสร้างฐานข้อมูลสารสนเทศด้านสิ่งแวดล้อม เป็นศูนย์เครือข่ายคอมพิวเตอร์ระหว่างสำนักกับสำนักงานเขต ให้การสนับสนุนด้านเทคโนโลยีสารสนเทศและข้อมูลต่างๆ ควบคุม ติดตาม ประมวลผล และรายงานผลข้อมูลด้านสิ่งแวดล้อม รวมถึงการควบคุมดูแลระบบ และบำรุงรักษาเครื่องคอมพิวเตอร์ และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
3. กองจัดการขยะ ของเสียอันตรายและสิ่งปฏิกูล มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดการมูลฝอย ของเสียอันตรายและสิ่งปฏิกูล การวิจัยเชิงปฏิบัติการเพื่อนำข้อมูลที่ได้ไปใช้ในการพัฒนาระบบการจัดการมูลฝอย ของเสียอันตรายและสิ่งปฏิกูล การตรวจสอบผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมเพื่อเป็นข้อมูลประกอบการปรับปรุงวิธีดำเนินการ การควบคุมและบริหารจัดการของเสียอันตรายทั้งการจัดเก็บ การขนส่งและการกำจัด รวมถึงการพัฒนามาตรการและเทคโนโลยีที่เหมาะสมในการจัดการ การดำเนินการเก็บขนมูลฝอยทั่วไปจากตลาด สถานที่สำคัญ มูลฝอยในแม่น้ำเจ้าพระยา เรือท่องเที่ยว เรือสินค้า และเก็บขนมูลฝอยที่ไม่อยู่ในหน้าที่ความรับผิดชอบของสำนักงานเขต การขนถ่ายสิ่งปฏิกูล ไขมัน และน้ำมัน การควบคุมการบำบัดไขมันและสิ่งปฏิกูล การตรวจสอบและควบคุมคุณภาพน้ำทิ้งจากการบำบัดสิ่งปฏิกูล การนำกากตะกอนไขมันและสิ่งปฏิกูลไปใช้ประโยชน์อื่น ๆ การควบคุมดูแลรถสุขาเคลื่อนที่ และสุขาชั่วคราว การสนับสนุนการปฏิบัติงานเก็บขนมูลฝอยเร่งด่วน การกวาดล้างถนนสายหลัก และสะพานลอยรถยนต์ข้ามการจัดเก็บค่าธรรมเนียมการเก็บขนมูลฝอย ค่าตอบแทนรถสุขาเคลื่อนที่ และสุขาชั่วคราว และงานด้านการละเมิดทรัพย์สินของกรุงเทพมหานคร และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
4. กองจัดการคุณภาพอากาศและเสียง มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมในเรื่องอากาศและเสียงในบรรยากาศให้ได้มาตรฐานตามหลักวิชาการและกฎหมาย โดยจัดทำแผนการจัดการคุณภาพอากาศและเสียง ให้การสนับสนุนและกำหนดแนวทางในการจัดทำแผนปฏิบัติการเพื่อการจัดการคุณภาพอากาศและเสียงในระดับเขต การควบคุมป้องกันและเฝ้าระวังมลพิษของอากาศและเสียงจากยานพาหนะ หรือแหล่งก่อมลพิษอื่น งานการศึกษาและประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม การพิจารณาออกข้อบัญญัติกรุงเทพมหานคร ตามที่กฎหมายส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อม หรือกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องกำหนดให้ออกเป็นข้อบัญญัติหรือข้อกำหนดของท้องถิ่นได้ และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
5. กองโรงงานกำจัดมูลฝอย มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการควบคุม ดูแลการกำจัดมูลฝอยให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ คุ้มค่าและถูกสุขลักษณะตามหลักวิชาและกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง พิจารณาดำเนินการทางด้านวิศวกรรมที่เกี่ยวกับการรักษาความสะอาดและสิ่งแวดล้อม และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง
6. สำนักงานสวนสาธารณะ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการวางแผนและพัฒนาพื้นที่สีเขียวในกรุงเทพมหานคร การปลูก บำรุงรักษาต้นไม้ สนามหญ้าในสวนสาธารณะ สวนหย่อม เกาะกลาง ทางเท้า ในถนนสายสำคัญต่าง ๆ และสถานที่ที่ต้องการดูแลเป็นพิเศษ การตัดแต่ง ขุดย้าย ศัลยกรรมต้นไม้ การขยายพันธุ์ การประดับตกแต่งต้นไม้ การตกแต่งเมือง กำหนดแนวทางวางแผนการเพิ่มพื้นที่สีเขียว การบริหารงานสวนสาธารณะ การเพิ่มบริการต่าง ๆ ในสวนสาธารณะ เป็นศูนย์กลางความรู้ด้านวิชาการเกษตร การให้การศึกษาด้านพฤกษศาสตร์และวิชาการเกษตรแก่ส่วนราชการอื่น เยาวชน และประชาชนทั่วไป สำรวจ รังวัด ประมาณการ จัดหาข้อมูลเพื่อออกแบบ ประมาณการงบประมาณในการจัดสร้างสวน แหล่งนันทนาการ และกีฬาของกสำนักงานสวนสาธารณะ การวางแผน กำหนดนโยบายแนวทางการดำเนินการปลูกบำรุงรักษาต้นไม้แก่สำนักงานเขต ให้คำแนะนำด้านวิชาการเกษตรและการออกแบบสวนและต้นไม้สนับสนุนพันธุ์ไม้และอุปกรณ์เครื่องมือต่าง ๆ ตลอดจนแก้ไขปัญหาให้กับสำนักงานเขต และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง